因医院诊断与治疗行为(医源性因素)而引起的感染称医源性感染。在医院的诊断与治疗活动中，任何损伤皮肤与粘膜完整性的操作在理论上都有可能传播艾滋病病毒感染。艾滋病病毒感染率越高的地区，发生医源性感染的危险性也越大。医疗卫生条件越差的地区，发生医源性感染的危险性也越大。
医源性因素导致艾滋病传播，隐蔽性强，危害极大。自从发现艾滋病以来，世界各国都发生过艾滋病病毒的医源性感染，我国也不例外。输血与血制品及不安全的采血、献血行为是导致艾滋病病毒感染传播与流行的主要医源性因素。此外，下述医源性因素在传播艾滋病病毒感染中也超重要的作用。
(一)医疗注射与针炙
医疗注射包括肌肉注射、皮下注射和静脉注射等。医疗注射行为都是直接突破皮肤粘膜屏障进入体内，如果针头与注射器未进行严格消毒被艾滋病病毒污染，就很容易导致艾滋病病毒。医务人员的职业性暴露通过皮肤损伤引起血液传播艾滋病病毒的危险性为0.2％~0.5％，经皮肤粘膜的暴露传播艾滋病病毒的危险性为0.1％。在美国，有一位护士在给患者注射时，不小心摔倒，将2毫升患者的血液注入自己体内而感染了艾滋病病毒。
随着艾滋病病毒感染者的不断增加，经医疗注射传播艾滋病的危险性也会与日俱增。不安全注射在发展中国家是很大的问题，一是因为这些国家普遍存在注射器的消毒问题，二是人群中可经注射传播的血源性感染的患病率很高。
发展中国家儿童的免疫接种每年超过5.5亿人次，而且农村儿童占很大比例，由于接种现场注射器具普遍不足，消毒马虎，存在很大的危险，而且主管部门对这种状况采取容忍的态度，以致不安全注射在30％以上。在艾滋病病毒感染率为1％的人口中，如果注射器和针头不消毒重复使用4次后，艾滋病病毒的交叉感染率约为3.5/万。
1990年罗马尼亚报告1168例艾滋病病毒感染者，94％为儿童，其中57.4％高度怀疑是由不安全注射传播的。在我国，广大农村、边远地区、部分中小城市及大中城市的部分中小医疗单位与个体诊所还没有普及使用一次性注射器与输液器，对重复使用的注射器与输液器消毒也不彻底，更有甚者少数私人诊所重复使用回收的一次性注射器与输液器。我国已进入艾滋病病毒感染的高发期，人群中艾滋病病毒的感染率逐年增加，因此经医疗注射传播艾滋病的危险性在我国也会随着艾滋病病毒感染者的不断增加而与日俱增，应引起高度警惕。专家建议：应尽量减少不必要的医疗注射，如确因治疗需要，最好采用经过严格消毒的一次性注射器与输液器。
此外，因为针炙治疗容易造成出血而使针炙针受污染，所以针炙也可以导致艾滋病的传播。接受针炙治疗，最好一人一针，不要重复使用针炙针。
(二)牙科诊疗和各种手术
美国曾报道，有5例病人因治牙病而感染了艾滋病病毒。拔牙、补牙、洗牙等诊疗过程常常会造成出血和口腔粘膜破损，如果诊疗器械消毒不好就存在经血感染艾滋病病毒的危险。如今我国个体牙科诊所遍布大街小巷，如果对这些诊所疏于管理，牙科诊疗就有可能成为传播艾滋病病毒感染的重要危险因素。
各种手术过程出血较多，造成的污染范围较广，很容易引起艾滋病病毒感染的传播。另一方面，因手术使病人的皮肤、粘膜、组织器官造成的创伤有助于艾滋病病毒的入侵，所以也很容易导致病人感染上艾滋病病毒。据英国媒体报道，由于英国一家医院的重大失误，有超过500名曾经在该医院进行过锁眼外科手术的病人被告知他们有可能被不幸地感染了艾滋病病毒。
