第一期：急性艾滋病毒感染
这是指体内存在HIV病毒但抗体尚未阳转阶段，是HIV病毒或抗原能够被检出但抗体检测为阴性或不确定的“窗口期”。通常在感染病毒后的2到6周内，人体免疫系统和艾滋病毒有一场激烈较量，此时出现症状与其他病毒性感染(比如流感)症状相似，通常持续1到2周，然后完全消失。症状包括：头痛、疲劳、肌痛、咽喉痛、淋巴结肿大、红色皮疹(通常在躯干上)、发热。
约半数HIV急性期患者会出现皮疹，常首诊于皮肤科。急性期感染者体内具有较高病毒载量，传染性强，及时诊断并进行行为干预具有重要的流行病学意义。
第二期：慢性艾滋病毒感染
当免疫系统与艾滋病斗争失败，流感样症状会消失。医生称之为无症状或临床潜伏期。有一部分人可能没有第一阶段症状，没有意识到被感染，但能把艾滋病传染给其他人，这一阶段可持续10年或更长时间。
在此期间艾滋病急性期，未经治疗的HIV将杀死CD4T细胞并破坏免疫系统，CD4细胞数量会下降，而且感染者会很容易受到其他病毒感染。
第三期：艾滋病期
艾滋病是HIV感染的晚期阶段。在这一阶段，可能出现很复杂的临床症状，比如时时刻刻感觉疲劳；脖子或腹股沟有肿大淋巴结；持续10天以上的发烧；盗汗；不明原因消瘦；身上出现紫色斑点且不会消失；气短；严重的会长期腹泻；口腔、咽喉和阴道出现真菌感染；瘀伤或无法解释的出血现象等。
感染者的无症状期持续时间可长可短，少则2年，多则可达20年，其长短与感染途径密切相关。一般情况下艾滋病急性期，经血感染者(主要为非法采血与共用注射器)为4-5年，性交感染一般为11-13年，如果一个感染者的无症状期能达到13年，就可以被称为长期生存者。当感染者体内的免疫细胞已无法与HIV抗衡时，就标志着进入HIV感染的最后阶段，称有症状期。这时，感染者被叫作艾滋病(AIDS)患者，他们非常容易受到其他疾病感染，一些普通的传染病如肺炎等，一旦进入他们的机体就会无法控制，在6至24月内他们就会死亡。
