在艾滋病出现的初期，对艾滋病毒是否为艾滋病的病原争论很多，甚至现在仍有极少数人持反对意见。因为从艾滋病人身上可以分离到很多不同的病原，包括细菌、病毒、真菌、寄生虫等。证实某一种病原微生物为某种病的特异性病原的根据，郭霍（Kock）曾提出三条原则：
（1）必须有规律地在可疑病例中发现，并分离出同一种微生物，这种微生物在体内的分布应与病变部位相一致；
（2）微生物必须能在体外获得纯培养，并能传代；
（3）这种纯培养物接种于易感染动物，能引起典型的疾病，并能从实验感染的疾病动物中重新分离出同种微生物。这种原则在证明病原方面起着很大的作用，至今仍有现实意义。关于艾滋病毒与艾滋病的关系完全可以符合郭霍提出的上述原则。
1. 流行病学的关系
（1）艾滋病毒的感染与艾滋的发生有关。全球95%以上的艾滋病人有艾滋病毒或艾滋病毒抗体；
（2）从流行病学调查结果来看，在高危人群中（同性恋、血友病、性病、静脉吸毒和输入艾滋病毒污染的血液），较多的人有艾滋病毒及艾滋病毒抗体。95%以上的病人有艾滋病毒抗体；
（3）仅艾滋病毒抗体阳性者才会发展成艾滋病，而没有感染艾滋病毒的血友病人不会发生艾滋病；
（4）在亚洲和非洲某些国家艾滋病严重流行地区，艾滋病毒的流行与免疫抑制和艾滋病的发生是一致的；
（5）从艾滋病毒感染孕妇分娩的婴儿约1/3带病毒，并将发展为艾滋病，而其余病毒阴性的婴儿不会发生艾滋病；
（6）血浆中的艾滋病毒拷贝数量的高低可以预测艾滋病的发生及其预后；
（7）自严格执行血液艾滋病毒抗体筛选后，在血友病和输血者中基本不会发生艾滋病，除非极少数输入的血液是在艾滋病毒感染的窗口期。
2. 从艾滋病人分离到艾滋病毒
（1）从艾滋病人可以分离到艾滋病毒。新鲜T淋巴细胞、巨噬细胞和某些永生的T细胞都可以用于分离和培养艾滋病毒；
（2）很多艾滋病毒的基因组已经被克隆，已报告了很多全部或部分基因组的核酸序列；
（3）有些病人分离不到病毒，但可用很敏感的核酸扩增技术（PCR）证明艾滋病毒的存在；
（4）艾滋病毒感染者，甚至艾滋病人可长期有艾滋病毒抗体。这表示经常有病毒存在，不断刺激其产生抗体，否则抗体会像其他传染病或疫苗免疫一样，在去除病原后抗体会逐渐下降。
3. 艾滋病毒能感染动物和人
这点可以从流行病学的调查结果得到证实，但不够直接。如果需要直接的证据，从下列事实可以认为符合这条原则。
（1）HIV-1能致猩猩发生艾滋病。将HIV-1病毒感染猩猩，猩猩可以携带病毒，而长期不发病，但现已发现，有的猩猩的CD4 T细胞下降并已发病，其临床症状和体征与人的艾滋病很相似。HIV-2较HIV-1的致病性低，将HIV-2病毒接种于一种猩猩（papio cynocephalus），后来发现5只中有3只的CD4 T细胞下降，并有艾滋病的症状。这些结果证明HIV-1和HIV-2能感染猩猩，并引起艾滋病；
（2）医务工作者偶然感染HIV-1，并发生艾滋病。有3位实验室工作者从事艾滋病毒研究工作，感染了同一型HTLV-Ⅲ B毒株，他们没有其他可能感染的来源。从第一例病人分离的病毒的基因组的序列与HTLV-Ⅲ B的差异很小（≤3%）。这与LAV-LAI和HTLV-Ⅲ B的遗传差距一样。这种差异也与母亲传给婴儿的差异相似，表明他们是同一病毒。不幸事件中的一例是艾滋病实验室技术员在HIV-1抗体筛选时发现的，另一例是离心浓缩艾滋病毒时刺伤的。第三例是面部和黏膜接触到浓缩的艾滋病毒。有2例发生在1985年，1例在1991年。3例的CD4 T细胞都下降，其中2例<200/mm3，一例有卡氏肺囊虫肺炎。这些例子表明同一病毒株（HTLV-Ⅲ B）因意外事件可以感染人并发生艾滋病。
另一个事例是美国牙科医生将艾滋病毒传染给病人。美国一妇女艾滋病毒抗体阳性，并发生艾滋病，她声称自己没有任何会传染艾滋病毒的危险因素（不吸毒、无性活动和无输入血液），而坚持认为她的感染是来自她的牙科医生戴维·阿瑟（David Acer）。在1986年阿瑟医生已被诊断为无症状的艾滋病毒感染者，并于1987年9月发展至艾滋病，CD4 T细胞下降至200/mm3以下，并有卡波氏肉瘤，在以后
两年，他仍继续行医。由于那位妇女的指控，阿瑟医生在当地报纸发表公开信，要求他所有的病人进行艾滋病毒抗体检测。超过1100位病人进行了检测，其中有10位的艾滋病毒抗体阳性，其中4位有高危行为，一位有可疑行为或危险因素，阿瑟医生在发生艾滋病后仍给这些病人进行过拔牙、牙根洞修补等手术。
这是一个牵涉到法律和公共卫生的问题，为解决这个问题，对阿瑟医生治疗过的10例抗体阳性者，以及当地艾滋病毒抗体阳性者的艾滋病毒C2-V3基因进行核酸序列分析。结果是：5例无危险因素者及一例可疑危险因素者的病毒核酸序列是同一个病人的来源（差异为3.4%～4%），而其他4位有高危行为者以及当地的对照病人，他们的病毒基因差异较大（11%～13%），说明他们的病毒是不一样的。第一位妇女病人、阿瑟医生和另外二位病人已因艾滋病死亡。另一位已发展至艾滋病。基因序列分析证明，牙科医生是6位艾滋病人感染的来源。
上述资料充分证明艾滋病毒是艾滋病的病原。
