人感染了淋病奈瑟菌后可出现明显症状，也可呈无症状感染。约10%男性和50%女性在感染了淋病奈瑟菌后可不出现任何临床症状，呈亚临床或带菌状态，尤其是直肠和咽部淋病奈瑟菌感染。无症状携带者在传播淋病奈瑟菌感染中起重要作用。在有症状感染者中，根据有无局部或全身并发症，又分为无并发症淋病和有并发症淋病，临床表现呈多样化。男性淋病奈瑟菌感染的最常见临床表现是急性前尿道炎。淋菌性宫颈炎主要症状有阴道分泌物增多或异常，表现为大量黏液脓性或脓性白带淋病淋病症状，有的患者伴月经间隔期有异常阴道出血，月经过多。70%～90%患者常同时发生淋菌性尿道炎，可出现尿频、尿急、尿痛和尿血。此外，男性淋病并发症包括淋菌性附睾炎、淋菌性前列腺炎、其他并发症。女性淋病并发症包括淋菌性盆腔炎、淋菌性前庭大腺脓肿等。
梅毒螺旋体侵入*后，一方面在皮肤黏膜下繁殖，另一方面很快沿着淋巴管到达附近的淋巴结，经过2～4周的潜伏期，在侵入部位发生炎症反应，称为硬下疳。经3～6周后即使不经治疗，硬下疳也会自然消失。在硬下疳存在的这段时期，临床上称为一期梅毒。
出现硬下疳时，梅毒螺旋体由硬下疳附近的淋巴结再进入血液扩散到全身，使几乎所有的组织和器官受侵。通过6～8周的潜伏期，可出现低热、浅表淋巴结肿大、皮肤黏膜损害、骨膜炎、虹膜睫状体炎及脑膜炎等症状，此时称为二期梅毒。二期梅毒损害表面梅毒螺旋体很多，因此传染性也很强，二期梅毒的症状可不经过治疗在3～12周后自然消失，又进入潜伏状态，称为潜伏梅毒（或隐性梅毒）。此时虽然临床上没有症状淋病淋病症状，但螺旋体仍然隐藏在组织或淋巴系统内，当机体抵抗力降低时，又出现症状，称为二期复发梅毒，可以反复出现几次。约25%的患者可复发，其中2/3发生于6个月内，90%发生于1年内，95%发生于2年内。
30%～40%的患者发生晚期活动性梅毒，包括皮肤黏膜梅毒、骨梅毒、内脏梅毒、心血管梅毒及神经梅毒等。后两种梅毒对患者的健康影响较大，甚至导致死亡。尸检发现受感染的主动脉有大量的梅毒螺旋体，最可能是由于血管滋养管的血管炎。在梅毒性脑膜炎及麻痹性痴呆患者很容易查到梅毒螺旋体，其发病是由于小血管的血管炎所致。一部分患者可不出现晚期梅毒的症状，只是梅毒血清反应持续阳性，称为晚期潜伏梅毒；也可以有一部分患者（约1/3）血清反应滴度逐渐下降，最后转为阴性而自然痊愈。一般免疫力正常的人，三期梅毒极少见，部分原因是患者患其他感染性疾病时应用了抗感染药物。
