生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒（HSV）感染所引起。单纯疱疹病毒分类两型即HSV-1和HSV-2。
HSV-1通过呼吸道、皮肤和粘膜密切接触，主要引起口唇、咽、眼及皮肤感染，少数（约10%）亦可引起生殖器感染。
HSV-2则是生殖器疱疹的主要病原体（90%），存在于皮肤和粘膜损害的渗出液、精液、前列腺分泌液、宫颈阴道分泌液中，主要通过性交传染，引起原发性生殖器疱疹。原发性生殖器疱疹消退后，残存的病毒经周围神经沿神经轴长期前存于骶神经节，当机体抵抗力降低或某些激发因素如发热、受凉、感染、月经、胃肠功能紊乱、创伤等作用下，可使体内潜伏的病毒激活而复发。人类是生殖器疱疹的唯一宿主，离开人体病毒则不能生存，紫外线、乙醚及一般消毒剂均可使之灭活。
