临床表现多种多样。在生殖器温度较低而且干燥部位的损害常常表现为小而扁平状，而在温热、湿润部位者常呈丝状或乳突瘤状。初起为细小淡红色丘疹，后逐渐增大加多相互融合，表面凹凸不平，湿润柔软肛门尖锐湿疣，呈乳头瘤样，鸡冠样，草样，蕈样或菜花样突起，红色或污灰色，根部常有蒂，且易发生糜烂渗液，易出血。皮损裂缝间常有脓性分泌物郁积其中，致有恶臭，自觉有痒感且每因搔抓而引起继发感染。由于不断受到局部潮湿与慢性刺激的作用，往往迅速增长。有的女性患者甚至从外阴至阴道、宫颈等处都长满了一片毛棘或很多小菜花状突起，好似玫瑰色的芒刺或鸡冠花。湿疣的数目少则数个，多则十余个，数十个以至百个之多。极少数病人由于治疗不及时，使湿疣长得很大，成为巨大湿疣，可向深部穿透，产生很多瘘管通向尿道或经5-40年恶变为癌肿。发生在直肠内大的湿疣可引起里急后重感。当妊娠期体内激素水平剧变时，生殖器的供血丰富，机体免疫功能又有所下降，故生殖器疣的体积也迅速增大，甚至达到阻塞产道的程度。分娩时往往使疣体摩擦撕裂出血，由于其组织脆弱，会给缝扎止血带来困难。有的湿疣在妊娠末或分娩后可以自然缩小以至消退。一般无明显自觉症状，介有瘙痒感肛门尖锐湿疣，潮湿感或摩擦感。如有继发感染时可伴有疼痛，阴道和宫颈有损害时表现为白带增多或性交后出血。巨大皮疹可引起局部异物感或因摩擦而引起疼痛。性交时症状可能加重。天使皮肤科医生集团皮肤科张云杰
部分病例为亚临床感染或HPV病毒携带者，无肉眼可见的临床表现。孕妇患尖锐湿疣后，人乳头状瘤病毒可通过分娩过程传染给婴儿，使之发生喉头疣及引起喉部乳头状瘤。即使母体感染后无临床症状，病毒也可通过血液或胎盘传播给胎儿，所以患有此病的妇女足月妊娠时，以做剖腹产术为妥。
