生殖道支原体感染的治疗，必须权衡利弊，慎重进行，不可过于积极。对感染者配偶或性伴的治疗也同样要慎重，关键是要针对可能合并存在的其它性病病原体感染。有许多支原体感染者，长期使用抗生素治疗，但支原体检查依然阳性支原体感染，而且还出现了许多新的不适。究其原因，极为复杂，支原体耐药、检测错误或试剂不过关、二重感染（长期应用抗生素者易出现真菌、其它不敏感细菌感染）、心理因素等均可能存在其中。
一般而言，对衣原体感染有效的药物对支原体感染也有效。必要时，可采用四环素类药物（常用的有四环素、多西环素、米诺环素）、大环酯类药物（常用的有红霉素、琥乙红霉素、罗红霉素、阿奇霉素）和喹诺酮类药物（常用的有氧氟沙星、左氧氟沙星）及大观霉素、克林霉素、克拉霉素等治疗生殖道支原体感染，疗程为1～2周。其中红霉素对人型支原体无效，克林霉素对解脲支原体无效。对女性盆腔炎，应考虑其多因素性，治疗应包括针对淋球菌、沙眼衣原体、人型支原体及厌氧菌的抗生素，国外推荐头孢西丁＋多西环素或克拉霉素＋庆大霉素的联合治疗方案。对于可能由支原体感染引起的前列腺炎，宜采用米诺环素治疗，因为米诺环素能穿过前列腺包膜而在前列腺达到杀灭支原体所需要的药物浓度。值得提出的是，前列腺炎病因复杂，抗生素治疗的效果并不一定好，需采用综合疗法，而且最好听从泌尿外科家的意见进行治疗。
近年来，支原体对抗生素的耐药性问题已引起多方注意，滥用抗生素可能是导致支原体耐药的重要因素。有报道，解脲支原体对四环素的耐药株占10%～20.6%，对多西环素的耐药株占8%～27.5%,对红霉素的耐药株占10%～52.4%。解脲支原体和人型支原体对氧氟沙星的耐药株占近20%。此外，对罗红霉素及阿奇霉素耐药的支原体也有报告。由于支原体对抗生素的耐药性有日渐增加的趋势支原体感染，临床用药时应予以注意。有家主张在治疗支原体感染时，为了减少或防止耐药株的出现，宜采用2～3种不同类型的抗生素联合治疗。同时，还可给予中药辅助治疗，但尚未发现治疗支原体的特效中药。
总之，生殖道支原体感染是目前医学界争议颇多的问题。支原体是否是尿道炎、前列腺炎和盆腔炎等疾病的病因尚未得到证实。生殖道支原体感染不仅存在于性病病人和性病高危人群中，在健康人（包括婴幼儿）中也同样存在泌尿生殖道支原体的寄居。因此，生殖道支原体并非一定是性病，也并非都要治疗。生殖道支原体感染的治疗要视具体情况而定，切忌急躁草率。
