支原体衣原体感染潜伏期为1-3周。支原体不会自愈，只不过有的人表现很轻或无症状，有的人表现症状重。
症状多表现为分泌物异常：尿道刺痛，不同程度的尿急及尿频、排尿刺痛，特别是当尿液较为浓缩的时候明显。尿道口轻度红肿，分泌物稀薄，量少，为浆液性或脓性，多需用力挤压尿道才见分泌物溢出，常于晨起尿道口有少量粘液性分泌物或仅有痂膜封口，或见污秽裤裆。有的人合并前列腺感染：亚急性期常合并前列腺感染患者常出现会阴部胀痛、腰酸、双股内侧不适感或在做提肛动作时有自会阴向股内侧发散的刺痛感。
男性感染支原体常见部位在尿道粘膜，引起的男性疾病为非淋菌性尿道炎支原体感染，非淋菌性尿道炎反复难愈，最终危害生殖功能。支原体代谢产生的有毒物质，如溶神经支原体能产生神经毒素，引起细胞膜损伤；脲原体含有尿素酶，可以水解尿素产生大量氨，对细胞有毒害作用。从而导致很多并发症：慢性前列腺炎、引起不育、导致精子畸形、破坏精子生成、导致女性输卵管不畅、易导致流产、围产期危害、男性性功能下降。
对于支原体阳性患者，建议：
(1)积极计划性地锻炼身体。平时积极锻炼身体，增强身体的抵抗力，可减少支原体衣原体的感染和寄生在体内的正常维生体发病。
(2)讲卫生避免交叉感染。养成良好的卫生习惯支原体感染，同时注意不洁性交等传染。
(3)注射疫苗。用减毒病毒疫苗在一定程度上可以预防，保护率仅50%，但尚未普及。
(4)发病后到正规医院积极就诊治疗。正确积极治疗，以免对生殖健康系统造成很大的伤害。
